نیم‌قرن آغازین قرن بیستم را باید عصر انقطاع عقلانیت اسلامی دانست؛ انقطاع از خلافت عثمانی، از وحدت جغرافیایی و سیاسی ملت‌های مسلمان و از اقتدار معرفتی و عملی نهاد دین در عرصه عمومی. پروژه مدرنیته با بازوی استعماری، از قرارداد سایکس‌- پیکو گرفته تا تثبیت حکومت‌های دست‌نشانده در ایران، عراق، شامات و حجاز، درصدد شکل‌دهی به جهانی بود که در آن، دین یا منزوی یا ابزاری برای سلطه شود. در چنین بافت پرمخاطره‌ای، ظهور و تثبیت حوزه، نه واکنشی سطحی، بلکه مواجهه‌ای عقلانی، فقهی و تمدنی بود؛ مواجهه‌ای که بر پایه تفکیک‌ناپذیری دین از حیات اجتماعی بنا شد؛ امری که در کلام حضرت امام نیز برجسته است، آنجا که تاکید می‌فرمودند «اسلام دین سیاست است» و تفکیک این دو، تحریف اسلام است.
حوزه در آن مقطع تاریخی، خود را صرفا نهاد آموزشی نمی‌دانست، بلکه خویشتن را حامل و حافظ «فقه در مقام مهندسی جامعه» می‌دید؛ فقهی که در نگاه علامه طباطبایی، متکفل هدایت انسان در تمام ابعاد زندگی است، نه صرفا در عبادات فردی. این فقه، به‌واسطه نهاد حوزه، در مسیر بازتعریف خود گام نهاد: از تولید احکام به سمت کشف نظامات، از مواجهه با مسائل فردی به سمت سازمان‌دهی حیات جمعی. همین عقلانیت بود که در دهه‌های بعد، با شهید سید محمدباقر صدر به اوج رسید و در مکتب نجف متبلور شد؛ آنجا که وی اجتهاد را نه ابزار استخراج فتوا، بلکه «روش کشف نظام‌های زندگی از متن دین» معرفی کرد (رجوع به مقدمه کتاب اقتصادنا). این بازخوانی از فقه، نه نوگرایی سطحی، بلکه احیای جایگاه اصیل دین در مدیریت جامعه بود.
در فضای بعد از جنگ جهانی اول، مدرنیته مهاجم در پی آن بود که با نهادسازی دولتی، آموزش مدرن و سکولاریزاسیون نظام قضایی، فقه را به حاشیه براند. در ایران، پروژه‌ی رضاخانی تلاش می‌کرد با طرد فقه از نظام آموزش، قضا، رسانه و سیاست، یک هویت نوین برساخته مدرن، اما تهی از روح اسلامی ایجاد کند. در این فضا، حوزه در عوض انفعال، به تثبیت خویش و سپس به گسترش دامنه تاثیرگذاری خود پرداخت. صدور فتواهای سرنوشت‌ساز، حمایت از قیام‌های مردمی، حضور در فضای افکار عمومی و مهم‌تر از همه، حفظ اعتماد مردم به فقه و روحانیت، نمونه‌هایی از هوشمندی حوزه در آن عصر است. اگر حوزه در آن برهه، به محافظه‌کاری صرف روی می‌آورد، بی‌تردید چیزی از آن باقی نمی‌ماند. راز بقای آن، نه در انزوا که در مواجهه‌ای تمدنی با وضعیت جدید بود؛ مواجهه‌ای که قدرت نرم خود را از ایمان، سرمایه علمی و مشروعیت تاریخی خویش اخذ می‌کرد.
تاسیس نهاد حوزه در آن دوره، پاسخی تمدنی به فروپاشی ساختارهای اسلامی و سکولاریزاسیون جوامع بود. حوزه آمد تا «امت» را از نو سازمان دهد، «فقه» را زنده نگاه دارد و عقلانیت دینی را به عرصه عمومی بازگرداند. همین حقیقت است که معلم شهید، مطهری عزیز نیز در کتاب اسلام و مقتضیات زمان، به آن اشاره می‌کند: «اسلام مکتبی است برای اداره جامعه؛ و این اداره، بدون فقه و اجتهاد ممکن نیست.» از این منظر، حوزه، تنها وارث گذشته نیست، بلکه معمار آینده است؛ چون حامل آن عقلانیتی است که می‌تواند میان نص و نیاز، میان عبودیت و اجتماع، و میان سنت و تغییر، نسبت برقرار کند.
حوزه اگرچه ابزارهای متعارف قدرت را در اختیار نداشت، اما با سلاح اندیشه، ذخیره فقهی، و ارتباط عمیق با توده‌های مومن، توانست در برابر طوفان‌های استبداد، استعمار و تجدد بایستد و پرچم اسلام را برافراشته نگاه دارد. ازاین‌رو، امروز نیز هیچ پروژه تمدن نوین اسلامی بدون محوریت حوزه قابل‌تصور نیست؛ چراکه حوزه، مرکز ثقل عقلانیتی است که می‌خواهد معنا را به جهان بازگرداند. در عصری که جهان در حال ازدست‌دادن معنا و مرجعیت‌های تاریخی خویش است، حوزه، همچنان حامل شعله معنا و بیداری است؛ این، میراث همان مجاهدت آغازینی است که در روزگار انقطاع، تصمیم گرفت آغازگر عصر اتصال باشد.