آگاه: برای تبیین چرایی عدم ‌تحقق یک تحول بنیادین و ساختاری در نهادهای دانشگاهی پس از گذشت دهه‌ها از استقرار نظام اسلامی، ناگزیر باید به سده‌های پانزدهم و شانزدهم میلادی در غرب و بحران معرفت‌شناختی برخورد کلیسا با مقولات عقل و علم رجوع کرد. در آن دوران، گزاره‌های جزم‌اندیشانه، غیرعقلی و نارسای مندرج در متون تحریف‌شده، ذهن بشر غربی را در برابر دوگانه کاذب و تعارض‌آمیز «ایمان تعبدی محض به متن تحریف‌شده» یا «خروج از دایره دین‌داری و اصالت‌بخشی به عقل خود بنیاد» قرار داد. به تعبیر عمیق استاد شهید مطهری، این رویکرد انحرافی، حوزه اندیشه و عقلانیت را به‌طور کامل از ساحت ایمان جدا کرد؛ به‌گونه‌ای که در دایره ایمان کلیسایی، تفکر و تعقل جایگاهی نداشت و برعکس، عقل‌گرایی نوظهور نیز دین را از عرصه حیات اجتماعی طرد کرد. پیامد محتوم تاریخی این تقابل، شکل‌گیری دادگاه‌های تفتیش عقاید و تعارض آشتی‌ناپذیر میان علم و دین بود.
انسان غربی برای برون‌رفت از این بن‌بست تاریخی، راهکار تقلیل‌گرایانه «عرفی‌سازی» (سکولاریزاسیون) را برگزید؛ دین را به حاشیه زندگی فردی راند و از ارکان اداره مدنیت، حکومت، معرفت و ساختار علم حذف کرد. خطای راهبردی و معرفت‌شناختی مدرنیته این بود که این تجربه تاریخی برخاسته از عوارض دین تحریف‌شده را به تمامی ادیان تسری داد و با صدور قاعده‌ای جهانی، مدعی شد که علم، هنر، فلسفه، سیاست و... باید پیرایش‌شده از هرگونه سوگیری، غایت‌مندی و جهت‌گیری دینی باشند. بر این اساس، دانش مدرن بر شالوده تفاسیر این‌جهانی، ماتریالیستی و این‌سویی از هستی بنیان نهاده شد. حتی دانشمندان و نظریه‌پردازان بزرگی چون داروین که در ساحت زیستی خود از افراد معتقد مسیحی به شمار می‌رفتند، تئوری‌های علمی خود را بدون اعتنا به غایت‌مندی الهی و ساحت متافیزیک تدوین کردند، مانند آنچه در نظریه تکامل (فرگشت) مطرح شد. در نتیجه، آنچه امروزه تحت عنوان «علم مدرن» در دانشگاه‌های سراسر جهان تدریس و بازتولید می‌شود، ماهیتا دانشی تهی از مبانی قدسی است؛ رویکردی که در حوزه‌های علوم انسانی، فلسفه و هنر به عریان‌ترین شکل خود بروز می‌یابد و در قلمرو علوم تجربی، زیستی و پزشکی نیز با تقلیل‌گرایی آزمایشگاهی پیگیری می‌شود.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی، به‌رغم توصیه‌ها و رهنمودهای راهبردی رهبران انقلاب و تلاش‌های نخبگان برای اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها و افزودن عناوین یا پسوندهای دینی به رشته‌ها، شاکله معرفتی علوم انسانی، فلسفه و حتی ساختار آموزش پزشکی همچنان بر پی‌ریزی‌های سکولار غربی استوار ماند. از آنجا که بدنه عمده استادان و پژوهشگران ما در دامن سنت‌های فکری غرب پرورش یافته‌اند و تسلط کافی بر مبانی انسان‌شناسی توحیدی و فلسفه اسلامی ندارند، این امر به خلق یک شکاف معرفتی انجامیده که تحقق تحولی ساختاری را با موانع جدی روبه‌رو ساخته است. در شرایط خطیر کنونی و در مواجهه با جنگ ترکیبی و فشارهای همه‌جانبه نظام سلطه، هشدارهای حکیمانه امام خمینی (ره) معنای ژرف‌تری می‌یابد که فرمودند دشمن از در جنگ سخت ناامید شده و با ابزار علم و قلم وارد میدان کارزار می‌شود.
بومی‌سازی و اسلامی‌سازی علوم، پروژه‌ای فراتر از افزودن چند واحد درسی یا تغییر ظاهری سرفصل‌هاست. از منظر معرفت‌شناسی اسلامی، تمام حوزه‌های معرفتی، حتی علوم تجربی، زیستی و پزشکی نیازمند عبور از صافی نگاه توحیدی و جامع‌نگر به انسان و هستی‌اند. در این راستا، توجه به آموزه‌های اصیل طبی در سنت اسلامی بسیار راهگشاست؛ چنان‌که در روایات معتبر و حکمت‌بخش نبوی تصریح شده است که اگر سبک زندگی اسلامی، در خوراک، پوشاک و در مجموع زیست انسان‌ها در جوامع مسلمان به‌دقت رعایت شود، طوری که انسان‌ها به اصول تغذیه، پاکیزگی و تعادل در رفتار زیستی خود مطابق سفارشات طبی و... اسلام پایبند باشند، حتی یک بیمار در ممالک اسلامی یافت نخواهد شد؛ چه برسد به احداث بیمارستان...! گزاره‌ای که گویای هدف‌گذاری اسلام برای کمال سلامت جسم و روح در سایه نظام هماهنگ با آفرینش است.
متاسفانه، چرخه سکولار دانشگاهی کنونی ناخواسته در خدمت بازتولید فردگرایی لیبرال، مصرف‌گرایی و اهداف ساختارهای سرمایه‌داری جهانی است؛ به‌طوری‌ که حوزه‌های حیاتی نظیر پزشکی، روان‌شناسی و علوم تربیتی اساسا از رسالت اصیل انسانی و الهی خود فاصله گرفته و به چرخه‌های ارائه خدمات تجاری بدل شده‌اند. تجارت پزشکی، تجارت روان درمانی و مشاوره و... جالب‌تر اینکه همچنان شعار خدمت به بشریت سر می‌دهند. استاد شهید مطهری در مقدمه اثر سترگ «نظام حقوق زن در اسلام» با مثالی دقیق تبیین می‌کنند که چگونه مفاهیم اصیل انسانی ممکن است تحت عناوین ظاهرا فریبنده و با بسته‌بندی‌های مدرن عرضه شوند اما باطن آنها تهی از حقیقت باشد. آنچه امروز بیش از هر زمان دیگری ضرورت دارد، بازنگری بنیادین در مبانی، متدولوژی و اسلوب علوم تجربی، ریاضی و انسانی بر پایه جهان‌بینی اسلامی است؛ تحولی ریشه‌ای که نهاد دانشگاه را از جایگاه مصرف‌کننده منفعل نظریه‌های غربی به پایگاه تولیدکننده علم بومی، پیشران عزت ملی و موتور محرکه تمدن نوین اسلامی بدل سازد.